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苹果短信在已读的情况下仍然显示未读短信数量，可能有以下几种原因。
1、短信应用未完全刷新或同步：尝试重启设备或重新打开短信应用，看看是否解决了问题。
2、短信仍然存在于通知中心：即使短信已经被读取，通知中心的通知可能仍然存在，可以进入通知中心查看并清除这些通知。
3、短信应用存在缓存或错误：如果短信应用存在缓存或错误，可能会导致已读短信仍然显示未读状态，可以尝试删除短信应用的缓存和数据，然后重新打开应用查看是否解决了问题。
如果以上方法都不能解决问题，建议联系苹果客服寻求帮助，也可以考虑备份手机数据后，通过更新系统来尝试解决问题。